故事将以各个时代的指挥官作为主角，将红色警戒2、红警之尤里复仇和心灵终结者三个游戏故事有机地连贯在一起，同时涵盖一些红警1和红警3的内容。故事始于红警世界。随着尤里通过时间机器不断穿插每个时代而导致的每个时代的变化，直到心灵终结战争的结束，仅存的焚风和厄普西隆军团继续对抗后的中后期，引发了生化危机和机械危机；以及在这之前盟军和苏军各个势力相互勾心斗角，为了利益和地缘政治的考虑展开了复杂的博弈。总